В 1659 году в красивейшем месте на левом берегу реки Мокши была основана обитель. Пришедши из Старого Кадома иноки во главе с игуменом Феодосием начали строительство на землях, подаренных темниковским писцом Лукой Евсюковым. Более 20 лет игумен Феодосий прожил в Санаксаре, построил деревянный храм во имя Сретения Владимирской иконы Божией Матери, келии, завел хозяйство, освоил сенокосные угодья, устроил переправу через реку. В 1681 году он был отправлен на Байкал для просвещения южно-сибирских племен.
После его ухода жизнь в Санаксаре постепенно стала замирать. Вскоре пустынька прекратила самостоятельное существование и была приписано к Сарову. Возрождение обители началось с прихода сюда в 1759 году монаха Феодара (Ушакова).
Наряду с Саровым Санаксарский монастырь считался духовным центром России, вел обширную переписку, имел много сановитых почитателей и благотворителей в Санкт-Петербурге и Москве.
В судьбе Санаксарской обители особенно заметно одно обстоятельство: не имея почти вовсе своих средств к содержанию, редко кем посещаемая, она безбедно просуществовала столетие с четвертью. Боголюбивые благотворители из столицы, знающие обитель только по слуху, подавали ежегодно ей свои лепты, прося взаимно молитв за себя и за своих близких.
Восстановленый из запустения отцом Феодором, благоустроенный внутренне и внешне его благочестивой заботой, Санаксарский монастырь существовал до 1920 года. Обитель закрыли и в монастырских зданиях разместили профтехучилище. В соборе была сделана ремонтная мастерская и стояли трактора.
Третье рождение Санаксара произошло в 1991 году, когда по благославению епископа Саранского и Мордовского Варсонофия сюда пришел из Московского Свято-Данилова монастыря нынешний наместник Санаксарской обители архимандрит Варнава (Сафонов).